クリア後にデータを引き継いでプレイできます。このため、ラスボス戦でしか仲間にできないユニットを育てる事が可能になり、また「天使の靴」や「女神の腕輪」などのスペシャルアイテムも複数個入手できます。
クリア後に引き継げるデータは、次の通り。
キャラのパラメータ
モンスターユニット(ヌシの子を除く)
アイテム(イベントで仲間になるキャラの装備は自動的に外れ、アイテム数が255個を超えると消滅する)
戦闘の基本クリア状態(2周目以降は発生しない)
イベントで上昇するキュロットの基本性能(2周目以降は上昇しない)
クロワの心の闇との戦闘時に上昇するクロワの経験値(2周目以降は増えない)
ヌシ召喚・変身・光影乱舞を除くイベント習得技(光影乱舞は技レベルを引き継ぐ、ヌシ召喚は技レベルがリセットされる)
イベント状態は全てリセットされますので、練武の洞窟や魔のほこら、エクストラステージなどは、再度出現させる必要があります。
仲間も、再度イベントを進めて仲間にする必要があります。また各マップのクリア回数モンスター撃破数、浄化度、魔界化指数、それとRQ商会のお得意様ランクや、アンケートで変更した商品の種類、敵強化状態もリセットされます。
他にも魔王/大魔王の状態もリセットされますので、魔王になるには再度、魔界をクリアする必要があります。
シナリオ/イベントの変化はありません。
各技に、レンジアイコンが追加されています。Sは隣のマスの1体を攻撃、Mは3マス以内の1体を攻撃、Lは技レベルに応じて距離と範囲が上昇、となっています。
2周目以降で超魔王バールを倒すと「EXステージ」が出現する。味方バールでも可。
EXステージ1のボスを倒すと「EXステージ2」が出現する。(プリエが魔王になっていないと出現しない可能性アリ/未検証)
プリエが大魔王&EXステージ2のボスを倒すと、最強最後の敵がいる「EXステージ3」が出現する。
魔界のボスが表示されるようになりました。魔界10界において、最もレベルの高い敵のクラス表示部(ステータスの上にある欄)の隣りに(ボス)と表示されます。
「ギブアップ」コマンドによるソフトウェアリセット機能、音楽鑑賞モード(2周目以降のRQ商会)、カーソルモードやサウンド設定機能の追加。