ムキカエールの裏技が使えない。
超合金ロボスーツを複数入手できない。
アイテム能力の限界値が32767でカンスト。
全知全能の杖を買い逃した場合、次周で購入可能になった。
翌周に入ってもイベントで習得した特殊技がなくならない。
プリエが魔王となるシナリオが追加された（全４話）。本編と違いマルチエンド。
魔王プリエ編に行くには本編クリア後に選択するか、タイトル画面で△□×△□×○のコマンドを入力する。コマンド入力時は敵のレベルが低い。
不浄点を浄化した際、浄化した地場上に味方がいると、その味方が未行動状態になる。また浄化した本人も未行動となる。
本編２周目以降にモンブラン城はずれが出現。全３マップ。ボスのレベルはそれぞれ500、1000、1700、クリアするごとにディスガイアキャラが仲間になる。
本編２周目以降にバールを撃破すると、バール城出現。ディスバールLv2000と戦える。
ディスバール撃破で新・バール城出現。ファントムバールLv4000と戦える。
ファントムバール撃破＆プリエが大魔王になると真・バール城が出現。バールLv9999、ディスバールLv4000、ファントムバールLv4000との戦いになる。
超能力増幅装置（浄化距離無限／ディスバール撃破で入手）
ミャオの杖（Sp、Int、Res1000／ファントムバール撃破で入手）
超魔王の証（効果なし／真バール撃破で入手）
本編クリア＋魔王プリエ編グッドエンドクリアすると、仲間キャラが全員最初から揃っている状態でプレイ可能。イベントでの加入離脱は全て無視される。
またプリエが魔王プリエに「変身」できるようになる他、魔王の称号がないと仲間にできないユニットを、称号無しでも仲間にできる。
アンケートでしつけが３倍が追加
記録屋が追加
音楽鑑賞屋が追加
特殊技の追加
合体技の追加（後述）
演出カット機能追加
ボスに攻撃した時のかけあいが増加
魔王プリエ編で、エクレールがダークエクレールに変身したままクリアすると、翌周以降エクレールが仲間にならない不具合が報告されています。注意して下さい。
※このバグは無料DLC（追加キャラエリー）をダウンロードする事で修正できるという報告もあります。バグった人は試してみると良いかも。
技レベル0の特殊を持つキャラが装備付け替えた後出撃したり、出撃中に装備を付け替えたりするとフリーズするようです。特殊のレベルを全て1以上にする事で回避可能らしいです。
購入すると以下のキャラが仲間になるイベントが発生する。
エリー（人型）：無料
主人公プリニー：無料
コルネット：\200
ロザリンド：\200
プリエ＋オマール 百華両乱 魔王プリエ＋キュロット バトンチェンジ 魔王プリエ＋アルエット 光と闇 魔王プリエ＋クロワ 惑星破壊弾 魔王プリエ＋エクレール サンダークラッシュ 魔王プリエ＋オマール 情熱と狂喜の炎 魔王プリエ＋サラド 魔王拳 キュロット＋クロワ 爆撃投演 キュロット＋エクレール 双槍雷撃 アルエット＋プリエ ホーリークラッシュ アルエット＋オマール クロススラッシュ アルエット＋サラド 女神の拳 クロワ＋アルエット リフレクトバースト クロワ＋オマール クロスブレイカー クロワ＋エクレール レールブレイカー オマール＋キュロット フルーツキャッチ マムロン＋ヤッタニャー 巻き添えアタック ヤッタニャー＋ショコラ 漢の生き様ニャ!! エクレール＋アルエット 神剣投閃撃 エクレール＋サラド 雷影繰打 サラド＋キュロット 蹴り合わせ稽古 サラド＋クロワ バレットライド サラド＋オマール 疾走剣戟 プリニー＋フロン プリニー踊り フロン＋ラハール 魔王玉・愛 エトナ＋フロン らぶらぶインパクト エトナ＋プリニー プリニー落とし ラハール＋エトナ 竜巻破裏剣 ラハール＋プリニー 飛ぶがよい！！