異なる勢力のキャラが同じ建物内にいるときに「戦闘開始」「ターン終了」すると建物内戦闘が発生します。建物内戦闘は以下の流れで行われます。
と繰り返していきます。ちなみに建物のアニメーション１回が攻撃１回に相当します。ここで注目したいのは、状況に関わらず味方が先に攻撃するという事です。そのため建物内戦闘は味方が非常に有利になっています。また同じ相手が続けて攻撃対象になった場合はコンボ扱いになるようで、相手の防御が高くてもダメージを与える事ができます。攻撃はAtk、Int、Tecのうち最も数値の高いパラメータで攻撃しているようです。
欠点は１体ずつしか攻撃できないので防御の低いキャラはやられやすい、敵の攻撃もコンボになるので一人で乗り込むと実力差があっても負ける、WPが上昇しない、というところです。
建物削除で得られるマナは作成時に使ったマナの20％（５分の１）です。マナを得るのは操作中のキャラです。これを利用すれば高レベルキャラのマナを作成直後のキャラに移植できます。ただし学校以外の建物ではロスが出る事があります。
建物から出撃キャラを選ぶ時に△ボタンを押すと編成画面が出て簡易編成が可能です。ちなみにキャラスロットにある装備を△ボタンで外すと倉庫の空きスロットに、倉庫にあるアイテムを三角ボタンで外すと今スロットを開いているキャラに装備できます。ちなみに戦車から降りる時も戦車内で簡易編成できます。
学校、図書館、売店のインバイトアタックは周囲のキャラの経験値、マナ、ヘルを増やします（撃破／取得両方）。これらの効果は重複するため、例えば倒す敵のすぐ横に味方キャラを置き、図書館で３回、両方同時にインバイトアタックをしてから倒せば、敵の撃破マナが1.9倍(+90%)に、味方の取得マナが1.9倍(+90%)になり、実際に貰えるマナが 1.9×1.9＝3.61倍にもなります。学校／売店ならトリプルインバイト後、味方を建物に入れればプロテクション効果も重複するため、さらに効率を上げることができます。
経験値アップの効果は食べ物使用効果とも重複し、味方が最大11.3倍(+1030%)、敵が最大10倍(+900%)、両方掛け合わせて最大50倍の効果を得ることができます。