敵をベースパネルに投げ込むと「ベース内戦闘」が発生し、敵を撃破できればその敵を捕獲して味方にする事ができます。ただし、捕獲できるのはメイキング可能な「魔物型」のみです。
このベース内戦闘を行うと、ほぼ確実に「味方殺し数」が増加します。そのためか、今回は味方殺しをしていてもグッドエンドを見れるようになっていますが、ベース内戦闘での被害と味方殺し数は比例していないようです。
今回、にゃん次郎さん、及びオーヴァルさんの協力で、仕組みがほぼ解明したため、ここに掲載します。
※あくまでも推測であるため、確証はありませんが、現在、最有力説となっています。
イメージとしてはランダム選出のタイマン（１対１の戦い）です。ただし、ベース内戦闘では敵のパラメータは上がります（詳細不明）。そのため、普通に通常攻撃で倒せる相手でも勝てない事があります。
つまり1ターン13本勝負生き残りデスマッチですね。１回ずつ攻撃して両方が生き残った場合のみ、味方殺し数が増えません。
まとめると以下のようになります。
敵を捕獲すると味方殺し＋１（＋味方被害）
捕獲し損ねると味方殺し＋０〜１３
味方が強い状態で弱い人型を投げ込むと、ほぼ確実に＋１３
強すぎる敵を投げ込むと、ほぼ確実に＋味方数（最大１３）