プレイ中見つけた、特に注意すべき点です。
暗黒議会利用時にたまに登場する人型の城の住人たち。彼らは「代理議員」と呼ばれる。彼らを撃破すると城から消えてしまい、お墓が出現する。
お墓になった住人は、セーブ→ギブアップ→ロードするか、シナリオをクリアすれば復活する。
彼らは好感度が引き継がれないうえ、合体させるとレベルを引き継ぐ。
ＥＸ２−２では、一度出撃するとベースパネルに戻る事ができない。
このステージはそういう仕様なので注意しましょう。
※DS版では普通に戻れます
携帯袋に16個と倉庫に256個、合わせて272個のアイテムを持てるが、これを限界まで持ってしまうと以降アイテムを入手できなくなる。
ハンド系で盗んだり、デールでアイテム界から出たりするのは、元のアイテムと入れ替わるので問題ないが、ボーナスや会話で手に入るアイテムは一切入手できない（入手したアイテムが消滅する）
もしアイテム界で所持品が満タンになり、なおかつデールを使わずにアイテム界から脱出した場合は、今まで潜っていた（強化していた）アイテムが消滅してしまう。持ち物は常に整理しておこう。
ただし、アイテム界から脱出する時に所持品が一杯になった場合、
携帯袋も倉庫もいっぱいです！
このアイテムはＲＱ商会魔界支店が引き取ります
すぐに買い戻しに来ないと売っちゃいますよ！
というメッセージが表示され、今まで潜っていたアイテムと超時空エンジンのみ「武器屋」や「防具／よろず屋」に引き取られる。どちらか最初に訪れた方に１度だけ陳列される。
これらが商品欄に追加される場所はアイテムの種類による。価格は売却時の２倍。
このメッセージの後、他の施設に寄ったり、ＲＱ商会から出たり、事前にセーブしたりするとなくなるので、絶対にやらない事！チャンスは１度だけだ。
なおアイテム界脱出時に入手するアイテムの優先順位は以下のようになる。
アイテム強化でLv以外の強化パラメータが上昇するのは「将軍系を撃破した後、マップクリアor時空ゲートで魔王城に戻った時」だけ。デールで脱出した際は上昇しない。
強化パラメータを上げた時と上げない時では最終的に２倍近い性能差が出るため、将軍系を撃破した際はそのまま次の階に進まず、確実に魔王城に戻る事。
基本的に最強装備はアイテム神の装備を盗む事で複製できるが、初めの一つを複数取る方法が無い装備がある。つまり次周以降に入手不可能な装備だ。
これには隠しキャラ２人が装備しているランク40アイテム計５つと、「超時空エンジン」が相当する。
これらの装備はアイテム神から盗まずにLv100にしてしまった場合、それ以上入手できない。
※ＰＳＰ版、通信対戦版、ＤＳ版では超時空エンジンの複製はできなくなっています。
テラスターでジオシンボルを破壊した場合、色変化が起きません。ただしジオパネルの効果は受けているので、無敵上の敵を倒したりはできません。
逆に色変化を起こさずに邪魔なシンボルだけ壊せるので、上手く活用しましょう。
※通信対戦版では、演出をOFFにする事で色変化を起こす事ができます。
※DS版では修正されています。
複数のキャラが攻撃予約をして一斉に攻撃した場合、敵が他のキャラに撃破されたり、前のキャラが移動技を使って特殊技の予備動作範囲を塞いでしまったりすると、そのキャラは行動する事ができません。この場合は実際には行動していないにも関わらず行動完了になってしまうので注意しましょう。
※DS版では実際に行動しなければ行動完了になりません。
Atk〜Resは武具装備後の値が2147万4836を超えると数値が１になります。Hp／Spは超えても問題ありません。
これはバグではなく「仕様」です。
※通信対戦版以降は2000万でカンストします。Hp／Spは1億以上まで上がります。
プリニーは人型からも魔物型からも転生できるため、プリニーを経由すると人型から魔物型へ転生できますが、その際は武器熟練度の全てが失われるので注意が必要です（再び人型に転生すると全ての武器熟練度が0になっている）。
超時空エンジン装備時はワープ移動で全てのマスに移動できるようになるが、アイテム界の時空ゲートに直接入ることはできません。しかし超時空エンジン装備者が他のキャラに投げ込んでもらえば入る事は可能です。
ちなみにガルガンチュワ甲板のクリアマスには入る事が可能。
プリニーデーの時、プリニー系のキャラが全員戦闘不能の状態で戦闘マップに入ると、戦闘開始直後にゲームオーバーになる。
通常は戦闘可能なプリニー系キャラがいないとプリニーデーを提案できないので問題ないが、プリニーデー否決後、議員との戦闘中にプリニー系が全滅すると発生する。
普通に考えて当たり前の話なので、議会でプリニーが戦闘不能になったら戦闘に行く前に病院で回復するのを忘れないように。
また、ダークキャノンを利用して敵、味方、味方の順に倒されるようにすると、全滅したままマップクリアできる。この時も戦闘可能なキャラがいなくなるため、次回出撃時にゲームオーバーになるので、必ず病院に行く事。
プリニーデーで魔氷に行くと、ほぼ確実にクリア不能。