ディスガイアは魔王城を拠点に時空ゲートを使って各エリアマップ（戦闘エリア）へ移動します。エリアマップへ移動する前に魔王城できちんと準備を整えましょう。
ゲーム開始直後はあらゆるところでチュートリアル（ゲーム説明）を聞く事ができます。ディスガイアはオリジナル要素が強いので、ゲーム馴れしていてもきちんと聞いておきましょう。またチュートリアルマップをクリアするとコマンドメニューに「戦闘知識」が追加されます。これにも一度は目を通すようにして下さい。広間にいるロンギヌス（槍）の話も意外と役に立ちます。
チュートリアルが終了すると弟子を作成できるようになります。弟子作成によって、汎用キャラを自由に作成し、戦闘ユニットを増やすことが可能です。様々な職業に加え、一度撃破した魔物も作成可能です。作成したキャラは全てレベル１の状態になります。
弟子を作成したら装備の購入です。ディスガイアでは店員に話しかけるごとに商品が変化します。同じアイテムが店に並ぶ場合もありますが、住んでいる住人がランダムで変化するため、アイテムの能力もそれに合わせて変化します。買ったアイテムはキチンと装備させましょう。
エリアマップ（戦闘）に行く準備が整ったらセーブ。これは忘れないようにしましょう。忘れれば間違いなく痛い目を見ます。
さて、セーブも済んだらエリアマップへ行きます。ディスガイアでは一度クリアしたマップを何度もプレイ可能です。そのため、いつでも自由にレベル上げができます。
エリアマップを決めたら戦闘開始です。マップごとにクリア条件が異なりますが、基本的には敵を全滅させればクリアとなります。マップによっては敵の弱点属性が統一されている場合もあるので、良く確認し、効率よく敵を倒していきましょう。
エリアマップへ行ったらまず敵の配置、装備、強さの確認とジオシンボルの位置、効果を確認します。ボーナスも確認しておきましょう。敵の確認は非常に重要です。特に特殊技を持っている敵には要注意です。別項の魔物技表を参考に敵の移動範囲と特殊の範囲を照らし合わせ、なるべく攻撃を受けないようキャラを配置しましょう。
マップを確認し、厄介なジオシンボルを発見したら率先して破壊します。逆に有利なジオシンボルは残しましょう。敵強化のシンボルは可能な限り１ターンで破壊します。「投げる」の項を参考にして下さい。無敵のシンボルがある場合はこっちも無敵なので余裕で進めます。無敵シンボルを壊したら戦闘開始ですので自分に有利な状況になるように調整しましょう。
敵を攻撃する際、最初の攻撃は特殊や遠距離攻撃で行うように心がけましょう。理由は反撃を防ぐためです。直接攻撃で倒せるところまでHpを減らしたら１体ずつ確実に倒していきます。状態異常攻撃や遠距離攻撃、回復魔法を持つものから先に倒すようにしましょう。初めは連携攻撃なども使いつつ進めた方が楽ですが、貰える経験値が少し少なくなってしまいます。多用するとキャラ成長が遅れることになりますので注意です。
さて、敵が瀕死になり誰でも倒せるような状態になったら弱いキャラに倒させましょう。そうする事でパーティ全体のレベルを平均に保つ事ができ、バランスの良い戦いが可能になります。他の敵が近くにいて、弱い味方が撃破される恐れがある場合、とどめを刺した後、味方を遠くへ投げて避難させると良いです。
戦闘で敵を攻撃したり、倒したり、ジオエフェクトで色変化を起こしたりすると、ボーナスゲージが上昇していきます。このボーナスは0〜9まであり、戦闘中であればいつでも確認可能です。クリア時のゲージ量によって、アイテムや経験値、ヘル（お金）を入手できます。ボーナスはマップに入るたびに変化します。
マップをクリアしたら、受けたダメージは必ず回復する習慣をつけましょう。魔界病院では治療した内容に応じて景品がもらえます。これらは全て非売品なうえ、結構強力なものが多いので率先して治療しましょう。ただし、序盤は破産に注意です。お金が尽きたら敵の弱いマップでダメージを受けないようにしてお金を稼ぐしかありません。プリニーを育てておくと便利です（プリニー隊の治療費は、例え戦闘不能でも１HL固定）。
経験値稼ぎに最適なマップを見つけたら、しばらくキャラ育成に励みましょう。この時、武器上達屋などがあれば１人１人集中して、素早く育成できるので時間をかなり短縮できます。
以降はシナリオ進行、キャラ育成と繰り返していく事になるでしょう。合間にアイテム界などで強力な装備を入手していくとさらに効率が良いです。
ディスガイアはマルチエンディング制を採用しています。ゲーム中の様々な行動がエンディングに影響し、合計８種類のエンディングを見ることができます。よほど注意していないと１周目でグッドエンドを見る事は無理でしょう。最も早いエンディングは第１話で見れます。また、データを引き継いで２周目以降をプレイ可能です。