ディスガイアでは、グッドエンド、バッドエンドに関わらず、エンディング後にデータを引き継いで２周目を始める事ができます。引き継がれるデータはほぼ全てですが、一部リセットされるところもあります。また、シナリオは最初からになりますが、初めのチュートリアルマップが省略されています。
以下の要素は全て引き継がれます。
病院の利用状況（各回復量や景品の取得状態）を引き継ぐため、２周目以降にもう一度景品をもらう事はできません。景品を貰えるのはゲーム中１度だけです。
超時空エンジンの取得状態も引き継ぐので、２周目以降にもう一度入手する事はできません。条件を満たして入手できるのはゲーム中１度だけです。
以下の要素は引き継がれません。
イベントで仲間になるキャラは全員「装備と共に」外れます。シナリオを進めてもう一度仲間にするまで装備を回収できないので注意してください。仲間のパラメータや装備は、敵として襲ってくる場合は通常と同じで、仲間にすると以前のものを引き継いでいます。
味方撃破数、議員撃破数、アイテム神殺しチェックを引き継がないので、２周目以降のエンディングは、２周目での行動だけが反映されます。
２周目でも、以下の要素は利用できます。
なおボスから盗んで入手できるアイテムは全て何度でも盗めます。
チュートリアルのエリアマップ「戦闘の基本１」「戦闘の基本２」が無くなっていて、「ジオエフェクト」のマップ名が「練習マップ」に変わっています。